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漫畫章節
對應動畫
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414 媽媽是敵人!?（ママはライバル!?，Mama wa raibaru!?）
415 槍聲的疑惑（疑惑の銃声，Giwaku no jūsei）
416 暗黑男爵夫人登場!（闇の男爵夫人登場!，Naito baronisu tōjō!）
相似的两位公主（续）（动画第333-334话）
417 通往死亡陷阱的黑暗之門（暗闇は死の罠の扉，Kurayami wa desu turappo no tobira）
418 無聲黑暗中的殺人事件（暗闇の音無き殺人，Kurayami no otonaki satsujin）
419 黑暗光影之謎（黒い光の謎，Kuroi hikari no nazo）
东都现像所的秘密（动画第335-336话）
420 迫近的包圍網（迫る包囲網，Semaru hōimō）
421 危機四伏（そこにある危機，Soko ni aru kiki）
422 無路可逃的標靶（逃れられないターゲット，Nogarerarenai tāgetto）
4台保时捷（动画第338-339话）
423 某位來訪者留下的謎（ある来訪者の残した謎...，Aru raihōsha no nokoshita nazo...）
424 藏在小密室裡的秘密（小さな密室に残された秘密，Chīsana misshitsu ni nokosareta himitsu）
隐藏在厕所的秘密（动画第340-341话）
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425 被隱匿的真相（隠されていた真実，Kakusareteita shinjitsu）
426 good-bye茱蒂（good-byeジョディ，Gubbai Jodi）
427 小蘭的推理（蘭の推理，Ran no suiri）
428 難以置信的結局（信じられない結末，Shinjirarenai ketsumatsu）
便利商店的陷阱（动画第343-344话）
429 滿月之夜、闇黑宴會的陷阱（満月の夜と黒い宴の罠，Mangetsu no yoru to kuroi utage no wana）
430 染血的幽靈船（血塗られた幽霊船，Chinura re ta Yuurei Sen）
431 透明人!（透明人間現る!，Tōmei ningen arawaru!）
432 工藤新一登場!?（工藤新一登場!?，Kudō Shinichi tojō!?）
433 面具下的真相（仮面の下の真実，Kamen no shita no shinjitsu）
434 RED APPLE
与黑衣组织正面对决 满月之夜的双重迷案（2.5小时特别版）（动画第345话）
435 雨中的刻印（雨中の刻印，Uchū no kokuin）
寻找屁股上的印记（动画第346-347话）
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436 尋找臀上的印記！（おしりの印を探せ!，Oshiri no māku o sagase!）
437 灰原哀的決心（灰原哀の決意，Haibara Ai no ketsui）
438 被遺忘的手機（忘れられた携帯電話，Wasurerareta keitai denwa）
439 奇妙的電話簿（奇妙なメモリー，Kimyō na memorī）
440 另一位名偵探（もうひとつの名探偵，Mō hitotsu no meitantei）
被遗忘的手机（动画第350-351话）
441 選邊站的推理秀!?（どっちの推理ショー!?，Docchi no suiri shō!?）
442 六面體的留言（六面体のメッセージ，Rokumentai no messeji）
443 解讀死前留言的另一面（ダイイングメッセージの裏を読め!，Daīngu messeji no ura o yome!）
444 捏造出來的留言（仕組まれたメッセージ，Shikumareta messeji）
谁才是推理王（动画第381-382话）
445 53000之1的惡魔（53,000分の1の悪魔，Goman-hassen-bun no ichi no akuma）
446 甲子園惡魔的挑釁（甲子園の魔物の挑発，Kōshien no mamono no chōhatsu）
满席大甲子园 看不见的恶魔（2小时特别版）（动画第383话）
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447 破解三數字之謎！（3つの数字の謎を解け!，Mittsu no sūji no nazo o toke!）
448 没有提示!？（ヒントが無い!?，Hinto ga nai!?）
449 比賽結束...!？（試合終了...!?，Gēmu setto!?）
450 從天國直落地獄!?（天国から地獄，Tengoku kara jigoku）
451 無動於衷!?（全然平気!?，Zenzen heiki!?）
452 毫不疑心嗎？（疑わないの?，Utaganai no!?）
本厅刑事恋爱物语6（动画第390-391话）
453 奇蹟（奇蹟，Kiseki）
454 驚愕（驚愕，Kyōgaku）
455 戰慄（戦慄，Senritsu）
456 逃脫（脱出，Dasshutsu）
怪盗基德之奇异的空中步行（1小时特别版）（动画第356话）
基德vs柯南 奇蹟的空中步行（《魔術快斗1412》動畫第16話）
457 學校奇譚（学校奇譚，Gakkō kitan）
帝丹高中的学校怪谈（动画第361-362话）
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458 足跡在哪裡!？（足跡はどこに!?，Ashiato wa doko ni!?）
459 課桌椅的真相（残された机の真実，Nokosareta tsukue no shinjitsu）
460 海上的密室（海の上の開かれた密室，Umi no ue no hirakareta misshitsu）
461 釣餌有毒!?（釣りエサは毒!?，Tsuri ese wa doku!?）
462 親切的燙傷（嬉しい火傷，Ureshī yakedo）
显而易见的码头惨剧（动画第366-367话）
463 秀吉的復仇（秀吉の大返し，Hideyoshi no ōgaeshi）
464 異樣的感覺（違和感...，Iwakan...）
465 從天空繞道（大空の裏道，Ōzora no uramichi）
沉默的航线（动画第371-372话）
466 自星光悄悄的（星より密かに，Hoshi yori hisoka ni）
467 想望天空（星を見たかい，Hoshi o mitakai）
468 星空之願（星に願いを，Hoshi ni negai o）
星星和香烟的暗号（动画第374-375话）
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469 星星知道一切（星は何でも知っている，Hoshi wa nandemo shitteiru）
470 前奏曲（前奏曲，Pureryūdo）
471 狂想曲（狂奏曲，Kapuriccho）
472 安魂曲（鎮魂曲，Rekuiemu）
473 即興曲（即興曲，Anpuronputyu）
474 幻想曲（幻想曲，Fantajia）
斯托拉帝巴力欧斯不协调的和音（动画第385-387话）
475 封印（封印，Fūin）
476 機關（絡繰，Karakuri）
477 神器（神器，Jingi）
478 不朽的真理（不滅，Fumetsu）
奇异屋宇的大冒险（动画第394-396话）
479 疑惑的簡訊（疑惑のメール，Giwaku no mēru）
奇妙一家的委托（动画第398-399话）
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480 疑惑的推理（疑惑の推理，Giwaku no suiri）
481 疑惑的不在場證明（疑惑のアリバイ，Giwaku no aribai）
482 疑惑的真相（疑惑の真相，Giwaku no shinsō）
483 解開锁之後（ロックをはずして...，Rokku o hazushite...）
满腹疑惑的小兰（动画第400话）
484 他送給她的東西（彼氏から彼女へ，Kareshi kara kanojo e）
485 從自殺變他殺（自殺から他殺へ，Jisatsu kara tasatsu e）
486 從天空到地上（天空から地上へ，Tenkū kara chijō e）
宝石抢劫犯（动画第401-402话）
487 現形的魔術戲法（出現マジック，Shūgen magikku）
488 機密檔案（禁じられたファイル，Kinjirareta fairu）
489 魔術師之家（奇術師の館，Majishan no yakata）
490 不配當魔術師（奇術師失格，Majishan shikkaku）
柯南和平次的推理魔术（动画第406-408话）
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491 暑假的暗號（夏休みの暗号，Natsuyasumi no angō）
492 躺下来再洗把臉！（寝転んで顔を洗え!，Nekoronde kao o arae!）
493 完美解讀!!（パーフェクト解読!!，Pāfekuto kaidoku!!）
神社牌楼的惊人暗号（动画第411-412话）
494 惡靈棲息的房屋（悪霊の棲む屋敷，Akuryō no sumu yashiki）
495 13年前的惡夢（13年前の悪夢，Jū-san-nen mae no akumu）
496 復甦的惡靈（蘇る悪霊，Yomigaeru akuryō）
497 遺漏的盲點（見過していたもの，Misugoshiteitamono）
498 第13年的衝擊（13年目の衝撃，Jū-san-nen-me no shōgeki）
出现在佛灭之日的恶灵（动画第415-417话）
499 門铃怪客（ピンポンダッシュ，Pin pon dasshu）
500 新的黑衣組織成員（新たなる黒の者，Arata naru kuro no mono）
黑色冲击!被组织的魔掌触碰的瞬间（2.5小时特别版）（动画第425话）
49[107]
501 快追上目標！（ターゲットを追え!，Tāgetto o oe!）
502 新的指令（新たなる指令，Arata naru shirei）
503 黑衣組織v.s.FBI①（黒の組織VS.FBI①，Kuro no soshiki bāsasu efu bī ai ichi）
504 黑衣組織v.s.FBI②（黒の組織VS.FBI②，Kuro no soshiki bāsasu efu bī ai ni）
505 新老师（新しい先生，Atarashī sensei）
506 秘密的上學路①（秘密の通学路①，Himitsu no tsūgakuro ichi）
507 秘密的上學路②（秘密の通学路②，Himitsu no tsūgakuro ni）
充满神秘的上学之路（动画第427-428话）
508 不可能回到原點的兩人（戻れない二人，Modorenai futari）
509 密閉的車子（密閉された車，Mippeisarete kuruma）
510 虚偽的愛情（偽りの愛情，Itsuwari no aijō）
无法回头的二人（动画第429-430话）
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511 氣氛緊張的聯誼（緊迫のコンパ，Kinpaku no konpa）
512 秘密的家庭訪问（秘密の家庭訪問，Himitsu no kateihōmon）
513 無聊的比賽（つまんない試合，Tsuman'nai shiai）
514 大特獎！（大当たり!，Ōatari）
總局刑警戀愛物語7（动画第431-432话）
515 令人興奮的採訪（ワクワク取材，Waku-waku shuzai）
516 真凶的留言（真犯人の伝言，Shin han'nin no dengon）
517 少年偵探團（ザ・少年探偵団，Ze shōnen tantei-dan）
以侦探团为焦点的取材（动画第435-436话）
518 平次的回憶（平次の思い出，Heiji no omoide）
519 雪女之計（雪女の計，Yuki onna no kei）
520 謎樣的纜車（謎のリフト，Nazo no rifuto）
521 雪女的銀衣傳說（雪女の銀衣伝説，Yuki onna no gingoromo densetsu）
服部平次vs工藤新一滑雪场的推理对决（未完）（1小时特别版）（动画第490话）